À Seção de Gestão dos Processos e da Informação Agropecuária, subordinada funcional e administrativamente à Divisão de Controle e Informações Sanitárias, compete:

• Organizar e gerenciar as necessidades de desenvolvimento no Sistema de Defesa Agropecuária e demais sistemas afins, promovendo a integração digital dos processos, dados e serviços e as devidas interfaces;
• Promover o alinhamento do uso da tecnologia da informação e comunicação no que diz respeito à defesa agropecuária, aos serviços públicos prestados e às estratégias da Administração Pública Estadual;
• Fomentar a integração e a interoperacionalidade dos serviços, processos de trabalho, base de dados e sistemas afetos à defesa agropecuária executados pela Administração Pública Estadual;
• Fiscalizar e auditar a utilização do sistema de defesa agropecuária no que se refere a alterações, consultas e inclusões de dados, tanto em processos administrativos quanto em fiscalizatórios, na área de defesa agropecuária; e
• Auditar o controle de estoque de semoventes no sistema, as emissões de Guias e de Permissões de Trânsito, bem como apoiar as ações de auditoria das Divisões, das Seções e dos programas  sanitários do Departamento de Defesa Agropecuária.